語感は似ていますが性質的にはちがうもの。
二次電池＝「蓄電池」ですが、燃料電池は「発電装置」です。

　二次電池は、充電ができる電池のことを指し、蓄電池とも呼ばれます。充電をすることで繰り返し利用できることが特長です。燃料電池は、「電池」というよりは発電装置です。水素および空気中の酸素を燃料として、スタックという部品で発電を行います。燃料である水素が続く限り、発電を続けることができます。

　また、燃料電池は水素と酸素の化学反応が直接電気エネルギーになります。蒸気で
タービンを回したり、エンジンで発電コイルを回すよりも効率が良いのが特長です。水
素と酸素の反応後は水ができるだけで、クリーンな発電装置です。

　二次電池とは常に充放電を繰り返すことになり、電池の劣化が進むため、イザというときに期待した電力を得られないことがあります。

※災害時に必要な非常用電源の電力供給時間は一般的に24～72時間といわれています。このように劣化した二次電池の場合、最悪まったく機能しなかったという東日本大震災での例や、電気の供給時間が30分程度しか続かない例が確認されています。災害時には信頼性の高い、実践的な運用が求められます。

燃料電池は二次電池に比べてスタックを持つ必要があるため、初期コストは高くなります。しかし、二次電池を使用した非常用電源は一定の周期で電池交換の必要があるためメンテナンスコストが高くなります。総合的なC.O.O（. コスト・オブ・オーナーシップ）の観点で考えることが重要です。